バージョン1.6.1で追加されたモード。 シナリオモードにて、全ステージをクリアした章のみ挑戦可能。 2021年10月25日現在 神の鞭では追加はされていない模様
決戦シナリオの各ステージはそれぞれ初期戦力などの状況が異なるが、上記の通りプレイヤーが操作出来ない上に両軍共に同じ思考で動いているため、攻略と言えるものはあまり無い。 所持している将軍の中から最適と思われる人選と配属をするぐらいである。 なお海軍が活躍出来るステージは少ないので海軍適性の将軍はやや厳しい。
決戦シナリオは主にリセット機能を使った勲章稼ぎが出来る他、短い間隔で何度も戦うので将軍の育成にも使える。 特に将軍の育成に適しており、他のモードよりも早くLvアップが出来る。